• Năm 2004 Estemirova đã được trao Giải thưởng Right Livelihood trong một buổi lễ được tổ chức ở Tòa nhà Quốc hội Thụy Điển.
• Năm 2005 bà được trao Huy chương Robert Schuman bởi Nhóm đảng Nhân dân châu Âu trong Nghị viện châu Âu năm 2005 (cùng với Sergey Kovalyov, chủ tịch Hội nhân quyền Memorial).[3][27]
• Tháng 10 năm 2007, bà được trao Giải Anna Politkovskaya đầu tiên bởi Reach All Women in War (RAW), một tổ chức nhân quyền hỗ trợ những người bảo vệ nhân quyền của phụ nữ trong chiến tranh và xung đột.[28][29]

Estemirova làm việc điều tra chung với nhà báo Anna Politkovskaya và luật sư bảo vệ nhân quyền Stanislav Markelov, cả hai người này cũng đều bị giết, một người trong năm 2006, còn người kia năm 2009.[30][31]